Le taux de reproduction du nouveau coronavirus (R effectif, R0) augmente en France, et dépasse le seuil d'alerte de 1 dans 10 régions. Comment est-il calculé ? Définition, courbe d'évolution et carte.
[Mise à jour le vendredi 31 juillet 2020 à 09h01] En France métropolitaine, des signaux de reprise épidémique sont enregistrés dans plusieurs régions. Après 5 semaines d'augmentation consécutive, il est observé une accentuation de l'augmentation du nombre de nouveaux cas confirmés de COVID-19, rapporte Santé Publique France dans son bulletin épidémiologique du jeudi 30 juillet. Le taux de reproduction du virus (R) est supérieur au seuil d'alerte dans 10 régions. Qu'est-ce que le R0 ? Le R effectif ? Comment est-il calculé ? Quel est-il au niveau national ? Et dans chaque région ? Explications.
Pouvoir quantifier la capacité de transmission d'un virus lors d'une épidémie est essentiel pour mettre en place au bon moment les mesures pour la stopper (surtout quand il n'y a pas de traitement ou de vaccin comme dans le cas du Covid-19). Cette capacité appelée "transmissibilité" se mesure par le nombre de reproduction R du virus, aussi appelé "taux de reproduction", c'est-à-dire le nombre moyen de cas secondaires provoqués par une seule personne infectée au cours de sa période contagieuse. Il faut alors distinguer :
- le nombre de reproduction du virus pendant la crise épidémique : le "R effectif" (celui que donnent les autorités sanitaires françaises depuis le mois de juin)
- du nombre de reproduction initial au début de l'épidémie qu'on appelait "R0".
"L'objectif des efforts de contrôle est de réduire R en-dessous de la valeur seuil de 1 et aussi proche de 0 que possible, maîtrisant ainsi une épidémie" expliquait Anne Cori dans un article de l'American Journal of Epidemiology en 2013. Dans le cas du coronavirus qui est un virus très contagieux, ce R0 était avant le confinement à 3 voire plus. Pour un même virus, le R0 peut varier d'une population à l'autre en fonction de la densité de population, de la susceptibilité et d'autres facteurs.
A titre de comparaison : le R0 de la grippe en France a été ramené à moins de 1 grâce à la politique vaccinale qui immunise une partie de la population. Le RO de la rougeole est de 16. Le RO du SRAS en 2003 était de 3 et a été ramené à 0,5 ce qui a permis d'arrêter l'épidémie.
Le R0 (taux de reproduction initial du virus) se calcule à partir d'une population qui est entièrement susceptible d'être infectée (c'est-à-dire qui n'a pas encore été vaccinée ni immunisée contre un agent infectieux). Il correspond au produit de trois facteurs : R0=ßcD.
- ß = le risque de contracter le virus lors d'un contact (d'où le respect d'une distance sociale d'au moins 1 mètre recommandée en ce moment),
- c = le nombre de contacts sur une unité de temps : si l'on diminue le nombre de contacts de moitié, on diminue le R0 de moitié.
- D = le nombre de jours où une personne infectée est contagieuse (jusqu'à 14 jours pour le coronavirus).
Plusieurs méthodes existent ensuite pour estimer le R effectif. En France, c'est la méthode de Cori (du nom d'Anne Cori, une chercheuse de l'Imperial College de Londres, spécialisée en maladie infectieuse) qui a été retenue précise Santé Publique France dans ses points épidémiologiques hebdomadaires. Ce R peut se calculer à partir d'indicateurs différents dont le délai moyen d'apparition d'un nouveau cas contaminé par une personne porteuse du virus (appelé intervalle de génération). le nombre quotidien de tests positifs provenant de Si-DEP et les données de passages aux Urgences. "L'avantage de cet indicateur (SI-DEP) est de reposer sur les données des cas confirmés de COVID-19 et de s'appuyer sur un recours au test qui a vocation à intervenir rapidement après la survenue des signes évocateurs de COVID-19" explique Santé Publique France dans son bulletin du 9 juillet.
→ Le R effectif est un indicateur de la dynamique de transmission du virus environ 1 à 2 semaines auparavant (intégrant le délai entre la contamination et le test, et le fait que le calcul est effectué sur une période de 7 jours).
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• Si le R > 1, l'épidémie se développe. • Si le R < 1, l'épidémie régresse. |
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Le calcul des R est important pour évaluer la situation épidémiologique dans un département ou une région. Depuis le début de l'épidémie de Covid-19 en France, le ministère de la Santé n'a eu de cesse de répéter avant le confinement que l'objectif était que le R0 descende en-dessous de 1 et lors du déconfinement qu'il ne remonte pas au-delà. Le "1" est ainsi le point de vigilance. Un R0 supérieur à 1 signifie que le virus recommence à circuler et donc que l'épidémie progresse. Un R de 1,4 correspond à un temps de doublement des cas d'environ 2 semaines.
- 1 < R <1,5 : seuil de vigilance
- R > 1,5 : seuil d'alerte
A savoir : Santé Publique France rappelle néanmoins que le suivi du taux de reproduction d'un virus ne suffit pas à tirer le signal d'alarme : "La valeur du R peut augmenter sans que cela soit nécessairement le signe d'une intensification de la circulation du virus. Par exemple, la survenue d'un cluster dans une entreprise peut conduire à des actions de dépistage et un afflux de patients dans un service d'urgence ou dans un laboratoire, faisant augmenter ponctuellement le R sans pour autant qu'il y est une diffusion dans la communauté. Ainsi, ces estimations doivent systématiquement être mises en perspective avec les autres indicateurs épidémiologiques disponibles, en particulier le nombre de cas, l'incidence, la présence de clusters."
Au 29 juillet, selon le bulletin de Santé Publique France publié le 30 juillet, le nombre de reproduction calculé à partir des données virologiques (tests positifs) est à 1,38. Celui calculé à partir des données de passages aux urgences est de 1,10. "Ces deux estimations sont significativement supérieures à 1, ce qui indique que l'épidémie est en progression" commente Santé Publique France.
Pour rappel : Le 15 mars 2020, juste avant le confinement de la France et le pic de l'épidémie, le R0 effectif avait été estimé à 2,8. Il avait ensuite baissé à 0,8 le 11 mai 2020, au début du déconfinement et était descendu à 0,73 selon le bilan de Santé Publique France du 11 juin.
Santé Publique France indique depuis le mois de juin le R0 pour chaque région de France. Ces données sont également disponibles sur le site des données du gouvernement.
→ Au 30 juillet, 10 régions ont un R0 supérieur à 1 : Auvergne-Rhône-Alpes, Grand-Est, Ile-de-France, Bretagne, Centre-Val de Loire, Hauts-de-France, Nouvelle-Aquitaine, Occitanie, Pays de la Loire et Provence-Alpes-Côte d'Azur.
Nombre de reproduction effectif (R effectif) à partir des tests PCR positifs au SARS-COV-2 et des passages aux urgences avec suspicion de SARS-COV-2 par région, France, du 19 au 25 juillet 2020.
Des pays comme les Pays-Bas et la Suède ont décidé de ne pas freiner le R0 en confinant la population mais de miser plutôt sur l'immunité collective. Si le R0 est supérieur à 1, les contaminations augmentent jusqu'à ce que l'épidémie culmine et finisse par diminuer en raison de l'acquisition d'une immunité collective par la population. Elle est atteinte quand 50% à 60% de la population a été infectée et a donc produit des anticorps. En France, selon l'analyse de chercheurs de l'Institut Pasteur publiée le 21 avril, seuls 6% des Français en moyenne auraient été infectés à cette date. Si l'immunité collective se fait naturellement depuis le déconfinement, elle ne sera pas suffisante pour arrêter la pandémie dans le pays : "En empêchant la circulation du virus (avec le confinement, ndlr), on a empêché la population de s'immuniser naturellement et de fait dans les zones les plus touchées on a à peu près 10% de la population qui a été infectée alors que dans les moins touchées on descend à moins de 2%. On ne peut donc pas compter sur l'immunité collective donc il faut maintenir un contrôle très fort du virus" a prévenu le Pr Arnaud Fontanet lors d'une audition au Sénat le 30 avril.
Trois autres indicateurs sont suivis par le gouvernement français pour observer l'évolution de l'épidémie de coronavirus en France depuis le déconfinement. Ce sont ces indicateurs que le gouvernement et les autorités scientifiques observent pour élaborer la carte des départements de France répartis en deux couleurs selon la circulation du virus (vert/orange). "Dès lors qu'un seuil (de vigilance et/ou d'alerte) est franchi, une analyse de risque approfondie est lancée afin d'identifier les causes du signal et déclencher une alerte si cela s'avère nécessaire" explique le Ministère de la Santé dans un communiqué du 8 juillet.
→ L'incidence épidémique c'est-à-dire le nombre de personnes infectées sur une semaine sur 100 000 habitants : estimée sur la base du nombre de tests RT-PCR (tests effectués dans le nez) positifs. Si le chiffre est compris entre 10 et 50 : seuil d'alerte. S'il est supérieur à 50 : seuil de vigilance.
→ Le nombre de tests virologiques positifs au Covid-19 pour 100 000 habitants par semaine
Depuis le 11 mai, chaque Français qui présente des symptômes évocateurs du Covid-19 peut, après consultation de son médecin traitant, se voir prescrire par ordonnance un test de dépistage du coronavirus Sars-CoV-2. Le taux de positivité des tests RT-PCR correspondant au taux de positivité des prélèvements virologiques (tests effectués dans le nez) réalisés dans chaque département est un indicateur : si le taux est compris entre 5 et 10% : seuil de vigilance. S'il est supérieur à 10% : seuil d'alerte.
→ Le taux d'occupation des lits en réanimation par des patients COVID par rapport à la capacité initiale en réanimation
Les tensions hospitalières sur les lits de réanimation correspondant au taux moyen d'occupation des lits de réanimation par des patients atteints de COVID-19, par rapport à la capacité initiale de lits en réanimation, par région : si le taux grimpe entre 40 et 60% seuil de vigilance. S'il dépasse les 60%, seuil d'alerte.
Un plan ciblé de reconfinement est prêt en cas de deuxième vague à l'automne.
Après avoir amorcé une phase de plateau de l'épidémie autour du 12 avril, Emmanuel Macron a annoncé le déconfinement progressif de la population à partir du 11 mai ce qui ne veut pas dire que nous ne pourrons pas être de nouveau confinés si l'épidémie reprend. Un rebond de l'épidémie de Covid-19 en France est possible en octobre/novembre, voire carrément cet été si les mesures barrières sont abandonnées, a prévenu le président du Conseil scientifique chargé de guider le gouvernement, Jean-François Delfraissy, dans un entretien à l'AFP le 9 juillet. La veille, le nouveau Premier ministre, Jean Castex, avait indiqué sur BFM Tv-RMC qu'un plan ciblé de reconfinement était prêt tout en excluant un reconfinement total "comme ce qu'on a connu en mars dernier (et qui), aurait des conséquences terribles pour le pays". Le Premier ministre a confirmé qu'il avait "toujours été dit, prévu et envisagé qu'il convenait de se préparer à une deuxième vague de l'épidémie".
July 31, 2020 at 02:04PM
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R0 et coronavirus : 10 régions en alerte, carte, calcul, évolution - Le Journal des Femmes
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